Försvarsmakten har använt Basareholmen sedan 1680-talet då staden Karlskrona och örlogsvarvet tillkom. När skyddet för den nya staden och varvet byggdes etablerades Schröder skans på ön.
Efter en svår brand i Karlskrona på 1790-talet flyttades den eldkänsliga verksamheten med krut från örlogsbasen ut till Basareholmen, på behörigt avstånd från övrig bebyggelse. I början av 1800-talet etablerades en anläggning för tillverkning av artilleriammunition och transportlådor för dessa. Primärt innebar arbetet att hantera och dosera krut och aptera detta till artillerigranater av olika kalibrer.
Mot slutet av 1800-talet började utvecklingen av ett modernt sjöartilleri. För att hantera modern ammunition byggdes Apteringsverkstaden på Basareholmen i början av 1900-talet. Verkstaden bestod av tio arbetskamrar där olika moment i tillverkningen utfördes. Mellan kamrarna fanns tjocka väggar med pansardörrar. Om en explosion skulle inträffa i ett rum skulle de intilliggande förbli oskadda.
Treskift under andra världskriget
Under andra världskriget var verksamheten som störst och ofantliga mängder hylsor tillverkades på örlogsvarvet för att sedan laddas med krut på Basareholmen. Som mest arbetade ett 90-tal kvinnor och män i treskift på ön, dygnet runt.
Efter kriget minskade verksamheten och 1986 lades funktionen på Basareholmen ned. Ön förklarades som byggnadsminne 2003 och förvaltas sedan dess av Statens fastighetsverk.
Världsarvet Karlskrona
I dag pågår underhållsarbeten på byggnaderna i syfte att återställa dem till ursprungligt skick. Det finns planer på att utveckla Basareholmen bland annat genom en museal del. Basareholmen utgör en del av världsarvet Karlskrona som med sina marina befästningar och verkstäder år 1998 togs upp som objekt nummer 560 på Unesco:s lista över världsarv. Det innebär att den unika miljön ska bevaras.